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La Commission Scientifique (CoSci) de la Fédération Française de Spéléologie (FFS) est très active pour ce qui concerne l'étude des cavités souterraines naturelles ou artificielles, des canyons, et des écosystèmes qui y sont associés. Ses activités se déclinent sous diverses formes, et notamment :
1. La recherche et l'exploration : la CoSci soutient et organise des expéditions en France et à l'étranger pour explorer de nouvelles cavités et canyons, les étudier et les documenter, contribuant ainsi à enrichir les découvertes et les connaissances sur la géodiversité et la biodiversité.
2. Etudier le karst de l'intérieur : les grottes constituent des regards sur les formations géologiques dans lesquelles elles s'inscrivent et sur les circulations d'eau qui les creusent. Les spéléologues sont à même d'accéder aux conduits souterrains et d'y effectuer observations et mesures, ce qui est crucial pour comprendre la formation des grottes en lien avec les paysages et climats du passé, ainsi que les ressources en eau souterraine.
3. Etudier et préserver les écosystèmes souterrains : la fédération contribue aux études sur les habitats souterrains et sur la vie spécifique aux grottes, depuis les zones d'entrée jusqu'aux zones très profondes. Ces études englobent tous les maillons des chaines alimentaires souterraines, depuis les bactéries jusqu'aux prédateurs.
4. Etudier et préserver les vestiges des fréquentations humaines et animales passées : les spéléologues de la FFS constituent un renfort apprécié des scientifiques pour les fouilles archéologiques et paléontologiques en milieu souterrain.
5. La formation et la sensibilisation : la CoSci de la FFS propose des formations pour tous afin de les sensibiliser aux enjeux scientifiques et environnementaux liés à la pratique de la spéléologie et du canyon. Cela inclut des ateliers sur la collecte de données et la méthodologie de recherche, destinés à former des équipiers scientifiques et environnement à même de participer à l'étude des grottes, des milieux karstiques des mines et des canyons.
6. Publications et partenariats : la CoSci collabore avec des universités et des instituts de recherche pour publier des études et des rapports sur ses découvertes. Elle édite notamment pour cela la revue fédérale Speleoscope et participe à l'édition de la revue scientifique Karstologia.
7. Protection de l'Environnement : la FFS s'engage également dans des actions de sensibilisation et de protection des sites naturels, en veillant à ce que les activités spéléologiques soient durables et respectueuses de l'environnement.